Морские коньки находятся под угрозой исчезновения, поскольку они имеют относительно низкие показатели рождаемости, существуют в небольших карманах населения и сталкиваются с угрозами со стороны людей путем изменения среды обитания, рыболовства и эксплуатации. Морские коньки сталкиваются с риском от прямых действий человека, таких как браконьерство и торговля, а также от рыболовного оборудования и долгосрочных последствий, таких как изменение климата. Как и многие животные, некоторые виды морских коньков хуже, чем другие, и, хотя некоторые из них классифицируются как находящиеся под угрозой исчезновения, другие перечислены как находящиеся под угрозой.
Морские коньки имеют уникальный вид среди морских животных, что делает их высоко ценными как домашние животные и декоративные предметы в определенных культурах. В Азии морские коньки ценятся за их использование в традиционной китайской медицине. Незаконная уборка и браконьерство морских коньков для дальнейшего использования лекарственных средств угрожает их популяции, равно как и сбор урожая для декоративного использования.
Торговля живых морских коньков также угрожает их существованию. Морские коньки являются популярными домашними животными во многих культурах, в том числе в Соединенных Штатах. Спрос на морские коньки, поскольку домашние животные продолжают водить свой урожай в большом количестве.
Изменения условий в чувствительных морских местообитаниях также ставят под угрозу здоровье морских коньков. Они сталкиваются с потерей среды обитания от многих видов человеческой деятельности и даже страдают от береговой деятельности, такой как обезлесение. Выщелачивание загрязняющих веществ в морских условиях создает угрозу для морских коньков, равно как и рыболовство и другие виды морской деятельности.