Самым известным руководителем вооруженных сил Конфедерации был Роберт Эдвард Ли, который начал командовать Конфедеративной армией Северной Вирджинии 1 июня 1862 года.
Он стал главнокомандующим всех сил Конфедерации 31 января 1865 года, вскоре сдавшись Генерал Союза Улисс С. Грант 29 марта 1865 года.
Генерал Томас Джонатан Джексон, известный как Стонуолл Джексон, был ответственен за победу во время Первой битвы при Булл-Ране, Антиетаме, Фредериксбурге и Харперс-Ферри.
Он умер во время битвы при Чанселорсвилле 2 мая 1863 года. Сэмюэл Купер, Джозеф Э. Джонстон и Натан Бедфорд Форрест, которые позже основали Ку-клукс-клан, также были лидерами армии Конфедерации.