Клеопатра стала фараоном после смерти своего отца. В своем завещании Птолемей XII оставил монархию 17-летней Клеопатре и ее 10-летнему брату Птолемею XIII, и они вместе правили Египтом.
Клеопатра вышла замуж за Птолемея XIII, когда ей было 12 лет, потому что она не могла править без мужского со-наследника. Птолемеевская традиция гласила, что мужчина-правитель был верховным, и требовала, чтобы его имя было первым. Однако через три года после вступления на престол Клеопатра настаивала на том, чтобы одно ее имя было нанесено на все официальные документы и чтобы на монетах было изображено только ее изображение.
Птолемей XIII отомстил, отправив Клеопатру в изгнание. Птолемей, правив один в 13 лет, искал поддержки Рима, казнив одного из политических врагов Цезаря, Помпея. Поскольку Помпей был женат на дочери Цезаря, Цезарь был возмущен убийством и вторгся в столицу Египта, став посредником между конкурирующими интересами Птолемея и Клеопатры.
Пользуясь яростью Цезаря к Птолемею, Клеопатра сама свернулась на ковре и провезла контрабандой туда, чтобы встретить Цезаря. Она стала его любовницей и родила его сына, и Цезарь помог ей вернуть трон, победив армию Птолемея; Птолемей утонул в Ниле, и она вышла замуж за следующего брата в очереди, Птолемея XIV, как это было принято.
После убийства Цезаря Клеопатра стала любовницей Марка Антония. Когда Египет пал на римское правление, они оба покончили с собой.