Аллигаторы являются родными только для Соединенных Штатов и Китая. Американские аллигаторы найдены на юго-востоке Соединенных Штатов: все Флориды и Луизианы, южные части Грузии, Алабамы и Миссисипи, прибрежные Южные и Северная Каролина, Восточный Техас, юго-восточный угол Оклахомы и южная оконечность Арканзаса. Согласно Схоластической книге мировых рекордов 2005 года, в Луизиане проживает самое большое население аллигаторов.
Большинство американских аллигаторов населяют Флориду и Луизиану, и в каждом штате более миллиона аллигаторов. Южная Флорида — единственное место, где оба аллигатора и крокодилы живут бок о бок.
Американские аллигаторы живут в пресноводных средах, таких как пруды, болота, водно-болотные угодья, реки, озера и болота, а также в солоноватых условиях. Когда они строят отверстия аллигатора на водно-болотных угодьях, они увеличивают разнообразие растений и обеспечивают среду обитания для других животных во время засух. Поэтому они считаются важным видом сохранения экологического разнообразия водно-болотных угодий. Дальше на запад, в Луизиане, тяжелая выпас койпу и ондатры наносит серьезный ущерб прибрежным водно-болотным угодьям. Большие аллигаторы широко питаются на койпу и обеспечивают жизненно важную экологическую услугу за счет сокращения числа койпу.
Китайский аллигатор в настоящее время встречается только в долине реки Янцзы и частях прилегающих провинций и находится под угрозой исчезновения, и лишь несколько десятков, как полагают, оставлены в дикой природе. Действительно, гораздо больше китайских аллигаторов живут в зоопарках по всему миру, чем можно найти в дикой природе.